Strand-seq var upphaflega lagt til sem tæki til að upplýsa um systur chromatid ungmennaskipti. Með því að vera aðgerð sem er staðfærð að einstökum frumum, DNA raðgreining á fleiri en einni frumu myndi algerlega dreifa þessum áhrifum og benda til skorts á SCE atburðum. Að auki eru klassískar raðtaks raðtækni ófærar um að sýna þessa atburði vegna ólíkra mögnunarmassa og tvístrengja upplýsingar um samsöfnun, þar með nauðsyn á Strand-seq. Með því að nota upplýsingarnar um viðmiðunarröðun geta vísindamenn upplýst SCE ef stefnu í erfðum sniðmátstreng breytist.
Að bera kennsl á misoriented contigs
Misvísandi contigs eru til staðar í tilvísunargenómum með umtalsverðum hraða (td 1% í músarviðmiðunargeni). Strand-seq, á meðan hefðbundnar raðgreiningaraðferðir eru, geta afhjúpað þessar rangar vísindagreiningar. Misvísandi samsambönd eru til staðar þar sem erfðaréttur strandar breytist frá einu arfhyrndu ástandi til annars (td WW til CC, eða CC til WW). Að auki er þessi ástandsbreyting sýnileg í hverju Strand-seq bókasafni, sem styrkir tilvist misoriented contig.
Mynd 263A | Framleiðsla BAIT, sem sýnir lestur telja bæði fyrir Watson (W, grænt) og Crick (C, blátt) þræði. Hver lesin upptalningarslá sýnir fjölda greininga í takt við tiltekna 200 kb bin af viðmiðunargeninu. Héðan er ályktað um arf fyrir foreldra sniðmátsstrengja. Svo sem ef bæði afrit af 200 kb litningahluta í dótturfrumunni voru samin úr Watson sniðmát þræðir í móðurfrumunni, væri þetta táknað með stórum grænum stöng sem gefur til kynna eingöngu W röðun á því litningasvæði. Skiptir á milli arfhreinir og arfblendnir ríki í arf sniðmátsstrengja eru einnig túlkaðir sem systur chromatid ungmennaskipti (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Höfundur : Yavor Mendel
Ummæli
Skrifa ummæli