Denaturing gradient gel electrophoresis ( DGGE) er örveru fingrafarartækni sem skilur amplicons af u.þ.b. sömu stærð miðað við sameiningar eiginleika (mynd 2). Þessir eiginleikar ákvarða þröskuldinn sem DNA denatures. The DGGE hlaup er stígandi DNA eðlissviptlnn (Hrært var í blöndu af þvagefni og formamíð), eða línulegan hitastiglinum. Þegar brotið nær bræðslumarki (þröskuldur nægjanlegrar denaturants) hættir það að hreyfa sig. Þetta stafar af því að hluti bráðinn tvístrengdur DNA getur ekki lengur flust í gegnum hlaupið. GC þvinga (um 40 basar með hátt GC innihald) er notaður sem sérstakur grunnur til að festa PCR brot saman þegar þau hafa gengist saman.
Gagnaframleiðsla og túlkun
Hver braut á hlaupi táknar eitt örverusamfélag. Sameiginlegu hljómsveitirnar meðal sýnanna eru í sömu stærð og nokkurn veginn sömu stöðu á hlaupinu. Erfðafbrigðin sem ekki er deilt á milli örsamfélagssýna passa ekki lárétt við önnur. Eins og sýnt er með, ef genið sem vekur áhuga er 16S rRNA, eins og það var þegar tækninni var lýst fyrst, þá verða PCR-mögnuðu brotin á sama lóðrétta staðsetningu á þeim forsendum að þau eru nokkurn veginn í sömu stærð. Önnur hlutlæg gen geta verið með meiri breytileika að lengd, en denaturant hallinn notar annan þátt (af bræðslumarki) til að upplýsa á milli sýnanna. The DGGE hlaup mun skilja gen af sömu stærð sem byggist á stöð samtenging.
Mynd 140A | Mynd 1. Skref í Length lokamörkunarbroti Polymorphism próf fyrir eitt örverusamfélag með 3 sýklotegundum | Ilyanassa / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://en.wikipedia.org/wiki/File:Step-by-step_procedure_of_using_T-RFLP_analysis_in_microbiology.pdf) frá Wikimedia Commons
Höfundur : Milos Pawlowski
Ummæli
Skrifa ummæli